Le lagon mahorais est une ressource séculaire pour les habitants de l'île qui y trouvent mérous, perroquets, capitaines, carangues et autres thonidés. Cependant, la forte augmentation de la démographie et les pressions sur l'environnement provoquent une dégradation générale du milieu marin (envasement, pollution) accompagnée d'une augmentation constante du nombre de pêcheurs depuis 1960.

Ceci a entraîné une réduction des captures poussant certains pêcheurs à parcourir plus de 100 à 150 km à la recherche de nouvelles zones de pêche plus productives situées à l'Ouest de Madagascar (Bancs de la Zélée, Geyser et, depuis 1998, banc du Castor dans les eaux malgaches...).

Mais, répétons-le, il serait trop restrictif d'enfermer Mayotte dans son sobriquet "d'île au lagon". Le relief recèle aussi de vrais trésors cachés par Dame Nature depuis la nuit des temps : la terre d'abord qui, par ses couleurs chaleureuses, dévoile à ciel ouvert les entrailles de la planète. La nature volcanique, ancienne de Mayotte est à l'origine de ces couleurs exceptionnels. Bananiers, cocotiers et papayers ou bien encore orchidée, ylang-ylang, vanille font donc parti du carte postale.
Côté faune, on peut noter le fameux maki ou lémurien, les chauves-souris, roussette, caméléon, hérisson etc. Mayotte compte plus de 35 espèces d’oiseaux.

A l'heure où le thème de l'environnement est (enfin) devenu une priorité, Mayotte peut servir d'exemple en terme de biodiversité. Imaginez une ile préservée depuis toujours, un espace oublié ou la nature est encore préservée. Mais jusqu’à quand cette oasis salvatrice pour les espèces animales et végétales endémiques peut-elle résistée ?
En effet, depuis une quinzaine d’année, l’île connaît un développement quasi-continu avec comme conséquence une érosion continue, suivi d'une destruction de la mangrove et de la forêt.

Le lagon avec ses 1500 Km² est un véritable vivier où se côtoient quasiment toutes les espèces marines tropicales.
Citons, parmi les plus notables, les facétieux et sympathiques dauphins ainsi que les nombreuses et peu farouches tortues (deux espèces à Mayotte notamment la tortue verte et la tortue Carette reconnaissable à son bec de perroquet).
Véritable aquarium naturel dans lequel cohabitent de nombreuses espèces de poissons multicolores qu’on peut voir lors de plongée, Mayotte n'a pas a envié les autres îles de l'océan indien.